Softwares
- MolMod-CS GitHub Repositories
-
MolMod-CS on GitHub
Our GitHub organization hosts the core developments, tools, and shared resources created by the MolMod-CS group. We leverage open-source collaboration to advance molecular modeling workflows. This repository space features:
In-house developed software, scripts, and utilities tailored for molecular modeling and computational chemistry simulations.
Forked repositories of key community tools, maintained and optimized to ensure compatibility with our internal research and workflows.
Input templates, configuration files, and source code designed to promote reproducibility across our scientific projects.
Both collaborators and external researchers are welcome to explore, clone, and fork our repositories. Whether you are looking to utilize our specific developments or track the external tools we rely on, this central hub provides direct access to our active codebases.
Happy coding!
- iLEGO Tool
-
iLEGO on GitHub
iLEGO is an in-house developed computational tool designed to streamline the building, assembly, and preparation of molecular structures and complex configurations. Much like building with blocks, it simplifies the setup process for molecular modeling projects. The repository features:
Automated generation scripts and modules to construct complex molecular systems and custom initial topologies.
Input preparation tools tailored to smoothly interface with popular molecular dynamics and quantum chemistry engines.
Extensible source files and usage examples demonstrating how to build robust simulation cells effectively.
The iLEGO-building tool is a program that generates ion pairs using translation vectors and rotation matrices, aiming to find different conformations with the center of mass of the reference species. For this purpose, the software follows 12 sequential steps, in which the ions are read and interpreted, translocated, rotated, written to a new file (.xyz), optimized using semiempirical methods, analyzed, and their energies described in a diagram.
Enjoy building!
- Force Field
- Virtual Chemistry
Virtual chemistry here refers to molecules including both covalently bound compounds and ionic systems in a computer rather than in a laboratory. We try to predict properties of compounds using theoretical models that are calculated or simulated in a computer. The website features:
Results from classical molecular dynamics simulations of liquids with experimental data to compare results to.
GROMACS input files for simulations corresponding to the results. Currently three force fields are supported, CGenFF, GAFF and OPLS/AA. We provide validated input files in order to make sure that results based on these files are consistent with the force field used.
Results from gas-phase quantum chemistry calculations using a range of methods. At a later stage we will provide input files for reproducing these calculations as well.
A tool to make correlation plots between the available data sets.
Experimental as well as theoretical scientists can use this resource in order to check how well a certain molecular species/compound is reproduced in a specific force field or quantum chemistry calculation. Since we provide experimental and calculated or simulated physical properties side by side, you can form your own opinion. Obviously, these numbers can be used for force field benchmarking and development using other software packages as well.
Enjoy!
- Other Force-Fields Tools
- Molecular Dynamics
- Monte Carlo
- Quantum Chemistry
- Gromacs MDP files generator (To see more details see the manual in the link)
- NASA TASK LOAD INDEX
O questionário NASA-TLX (do inglês, National Aeronautics and Space Administration – Task Load Index), é uma escala psicométrica auto-avaliativa multidimensional que retorna um índice de carga cognitiva associada à tarefa percebida por um sujeito para a realização de uma tarefa. O link acima abre o questionário para aplicação em sua versão em Português. Para acessar a versão original acesse o link.NasaTLX
Em outras palavras, o sujeito, diante de uma tarefa, precisa realizar uma série de processos cognitivos para sua realização. Como cada sujeito percebe as demandas, ou avalia o seu próprio esforço, desempenho ou frustração é subjetivo e individualizado. O NASA-TLX convida o participante a auto-reportar essa percepção, usando para isso uma escala adaptada à cada dimensão em análise.
O questionário é composto por seis subescalas onde o sujeito, para expressar sua subjetividade, indica um número em uma escala qualitativa. As subescalas podem estar relacionadas à/ao:
(1) Tarefa: mensura a magnitude de demandas objetivas durante a tarefa, consinderando as demandas física, mental e temporal.
(2) Comportamento: mensura a magnitude de avaliações subjetivas individuais durante a tarefa, considerando o desempenho e o esforço mental.
(3) Sujeito: mensura a magnitude do impacto da tarefa sobre o sujeito, considerando a sua frustração.
O questionário NASA-TLX é dividido em duas etapas. O valor atribuído na primeira etapa é denominado como o valor absoluto da subescala. Na segunda etapa, o sistema fornece uma sequência de 15 pares de comparações entre as escalas. O participante precisa então escolher qual delas foi mais decisiva ou importante para completar a tarefa. Este segundo valor indica o peso que cada variável contribui para o modelo como um todo.
O resultado é um valor de 0 a 100 que reflete a carga cognitiva percebida pelo sujeito durante a tarefa. Em condições instrucionais (de ensino), quanto mais a carga cognitiva maiores as chances de sobrecarga na memória de trabalho, aquela utilizada para processar informações relevantes do material em estudo. Com isso, menos recursos cognitivos disponíveis e, consequentemente, menores são as chances de ocorrência da aprendizagem significativa.
Para saber mais:
NASA Ames Research Center (1986). NASA Task Load Indez. Disponível em:
Hart, S. G., & Staveland, L. E. (1988). Development of NASA-TLX (Task Load Index): Results of empirical and theoretical research. In P. A. Hancock & Najmedin, M. Human mental workload: advances in psychology. Amsterdam: North Holland. pp. 139–183.
Paas, F., van Merrienböer, J. J. G., & Adam, J. J. (1994). Measurement of cognitive load in instructional research. Perceptual and Motor Skills, 79, 419–430.
